A partir de los datos de trabajo obtenidos con las series de 16s ARN, los Archaea se dividen actualmente en dos grandes grupos: Euryarchaea (Euryarchaeota) y Crenarchaea (Crenoarchaeota). Vamos a revisar los grupos más importantes y sus representantes más conocidos. Euryarchaeota Mesófilos en este grupo de Euryotas hay también numerosos organismos mesófilos, son los Haloarchaea (halófilos extremos y obligados) que ramifican en el seno de los Metanógenos en el arbol 16s ARN y los numerosos metanógenos mesófilos de los tres ordenes Methanobacteriales, Methanococcales y Methanomicrobiales. Estos dos últimos comprenden a la vez mesófilos, termófilos e hipertermófilos, lo cual es una situación única y muy interesante para los análisis comparativos. Por desgracia, todos los metanógenos son anaerobios estrictos lo que dificulta mucho su estudio. Termófilos las más estudiadas son el metanógeno Methanobacterium thermoautotrophicum (T máx 65ºC) y el termoacidófilo aerobio Thermoplasma acidophil
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