Hay 12 grupos principales de Eubacterias. Se puede observar que la mayoría de las ramas con especies conocidas y abundantes, irradian de un solo punto en el árbol. Como si estuviesen un poco al margen, encontramos algunas ramas aisladas, más tempranas en el esquema evolutivo: éstos son grupos menores, con pocas especie, que no son generalmente abundantes y que se consideran los organismos más primitivos (longitud de su ramificación corta). Los tres primeros grupos de las ramas primitivas (Aquifex, Thermotoga y las Bacterias Verdes no del azufre) están formados por bacterias termófilas (e hipertermófilas) Grupos patrón y organismos representativos Termófilas: Las bacterias termófilas más conocidas son Bacillus stearothermophilus (T máx 60ºC) que es un temófilo moderado (Gram positivo próximo a Bacillus subtilis), Thermus aquaticus (T máx 70ºC) y Thermus termophilus (T máx80ºC). Las bacterias del género Thermus pertenecen al mismo grupo que la bacteria radioresistente Deinococcus radiodu